В середине девятнадцатого века состоялся первый контакт с пришельцами — в Японии приземлились чёрные корабли инопланетян Аманто. Они прибыли на Землю с целью её захвата. Мечи самураев и ружья асигару оказались бессильны против технологий будущего, и сёгунат подчинился власти Аманто. Сопротивляется власти захватчиков лишь патриотически настроенная группировка Дзёи; когда-то Дзёи стояла во главе национального движения, однако теперь она выродилась в террористическую организацию, чьи члены активно преследуются сёгунатом и Синсэнгуми.
Гинтоки Саката, один из бывших лидеров Дзёи, а ныне — просто мастер на все руки, пытается найти в новом Эдо источник стабильного заработка, периодически сталкиваясь с Синсэнгуми, пиратами Харусамэ и членами Дзёи, чьим нынешним лидерам не даёт покоя его предательство. Вместе со своими спутниками Симпати Симурой и Кагурой он не раз попадает в опасные ситуации.